En décembre 1999, le Conseil européen d’Helsinki, est sur le point de reconnaître le statut de candidat à la Turquie, puisque « le Conseil européen réaffirme le caractère inclusif du processus d’adhésion, qui regroupe maintenant treize pays candidats dans un cadre unique ». La Turquie est donc, à partir de ce moment-là, partie intégrante du processus. Le Conseil européen précise : « Le Conseil européen se réjouit des éléments positifs qui ont récemment marqué l’évolution de la situation en Turquie, et que relève d’ailleurs la Commission dans son rapport sur les progrès réalisés par les pays candidats, ainsi que de l’intention de la Turquie de poursuivre ses réformes en vue de satisfaire aux critères de Copenhague. La Turquie est un pays candidat, qui a vocation à rejoindre l’Union sur la base des mêmes critères que ceux qui s’appliquent aux autres pays candidats. Dans le cadre de la stratégie européenne actuelle, la Turquie, comme les autres pays candidats, bénéficiera d’une stratégie de pré-adhésion visant à encourager et à appuyer ses réformes ».
En décembre 2000, sous la présidence française du Conseil de l'Union européenne, un partenariat pour l’adhésion a été conclu avec pour objectif d’offrir un programme politique et économique de préparation de la Turquie à l’adhésion.En 2001, la peine de mort est supprimée, sauf cas de « guerre, menace de guerre imminente ou actes terroristes ». En 2002, elle est abolie pour tous les crimes en temps de paix. Aucune exécution n'avait eu lieu depuis 1984, année où un moratoire avait été adopté par le Parlement.
En décembre 2002, lors du Conseil européen de Copenhague, les États membres prennent acte de la conclusion des négociations d’adhésion avec dix États membres et prévoient leur adhésion effective au 1er mai 2004. Parallèlement, « l’Union encourage la Turquie à poursuivre énergiquement son processus de réforme » et « si, en décembre 2004, le Conseil européen décide, sur la base d’un rapport et d’une recommandation de la Commission, que la Turquie satisfait aux critères politiques de Copenhague, l’Union européenne ouvrira sans délai des négociations d’adhésion avec ce pays ».
En 2004, dans son rapport de progrès annuel, la Commission européenne reconnaissait que la Turquie « satisfaisait suffisamment aux critères politiques de Copenhague », ce qui permit au Conseil européen de décembre de décider l'ouverture des négociations d'adhésion. Celles-ci commencèrent effectivement le 3 octobre 2005, en même temps que la Croatie. La conclusion des négociations devrait prendre au moins une décennie.
La Commission européenne a recommandé que les négociations commencent en 2005, mais a également ajouté de nombreuses précautions. Les dirigeants de l'Union européenne ont accepté le 16 décembre 2004 d'entamer les négociations avec la Turquie le 3 octobre 2005. Malgré une proposition du Parti populaire autrichien et de l'Union chrétienne-démocrate d'Allemagne d'instaurer un partenariat privilégié avec la Turquie au lieu d'une véritable intégration, les négociations d'adhésion ont tout de même été officiellement lancées.
Depuis, les négociations ont été ralenties par un certain nombre de problèmes, à l'intérieur comme à l'extérieur du pays. L'Autriche et la France ont toutes deux déclaré qu'elles organiseraient un référendum sur l'adhésion de la Turquie. En France, un changement apporté en 2005 à la Constitution avait rendu obligatoire un tel référendum. Le problème de la partition de Chypre reste un obstacle majeur à l'évolution des négociations. Plusieurs officiels européens ont signalé un ralentissement dans les réformes en Turquie, auquel s'ajoute le problème de Chypre, ce qui a conduit le commissaire à l'élargissement, Olli Rehn, à déclarer en mars 2007 qu'un arrêt des négociations était possible. Du fait de ces retards, les négociations ont à nouveau été interrompues en décembre 2006, et l'Union a gelé 8 des 35 dossiers en cours de négociation.
La Turquie pourrait, dans les prévisions les plus optimistes, rejoindre l'Union en 2013, date à laquelle les prochaines perspectives financières de l'Union européenne seront établies (l'Union européenne établit ses perspectives budgétaires tous les six ans). Ankara espère être en règle avec les lois européennes à cette date. Cependant, Bruxelles refuse de considérer cette date comme une date limite. En 2006, le président de la Commission européenne, José Manuel Barroso, considérait que le processus pourrait durer au moins jusqu'en 2021.